Datos de la tesis doctoral

Facultad de Informática

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DATOS DE LA TESIS

Titulo Desarrollo de una plataforma eficiente de análisis de datos en Bioinformática y Biología Computacional

Doctorando Rubén Nogales Cadenas

Director(es) Alberto Pascual Montano, Paco Tirado Fernández

Universidad Universidad Complutense de Madrid

Año de lectura 2010

Doctorado europeo (si/no) No




Publicaciones de la tesis

a) Revistas

AUTORES Vazquez M, Nogales-Cadenas R, Arroyo J, Botias P, Garcia R, Carazo JM,Tirado F,  Pascual‐Montano  A,  Carmona‐Saez P

Nº DE AUTORES 9

TÍTULO MARQ: an online tool to mine GEO for experiments with similar or opposite gene expression signatures

CLAVE (Artículo, Artículo de revisión, editor) Artículo

NOMBRE DE LA REVISTA Nucleic Acids Research

VOLUMEN 38

PÁGINAS DESDE W228

HASTA W232

EDITORIAL Oxford University Press

PAÍS DE PUBLICACIÓN Inglaterra

AÑO DE PUBLICACIÓN 2010

ISSN 0305-1048

INDICIOS DE CALIDAD AREA de JCR: BIOCHEMISTRY & MOLECULAR BIOLOGY

ÍNDICE DE IMPACTO: = 7.479

POSICIÓN QUE OCUPA LA REVISTA EN EL ÁREA: 27

Nº DE REVISTAS EN EL ÁREA: 283

Nº DE CITAS (si se sabe, excl. autocitas):

OTROS INDICIOS (si se sabe):




AUTORES Medina I, Carbonell J, Pulido L, Madeira SC, Goetz S, Conesa A,Tarraga A, Pascual‐Montano A, Nogales-­Cadenas R, Santoyo J, García F, Marbá M, Montaner D, Dopazo J

Nº DE AUTORES 14

TÍTULO Babelomics: an integrative platform for the analysis of transcriptomics, proteomics and genomic data with advanced functional profiling

CLAVE (Artículo, Artículo de revisión, editor) Artículo

NOMBRE DE LA REVISTA Nucleic Acids Research

VOLUMEN 38

PÁGINAS DESDE W210

HASTA W213

EDITORIAL Oxford University Press

PAÍS DE PUBLICACIÓN Inglaterra

AÑO DE PUBLICACIÓN 2010

ISSN 0305-1048

INDICIOS DE CALIDAD AREA de JCR: BIOCHEMISTRY & MOLECULAR BIOLOGY

ÍNDICE DE IMPACTO: = 7.479

POSICIÓN QUE OCUPA LA REVISTA EN EL ÁREA: 27

Nº DE REVISTAS EN EL ÁREA: 283

Nº DE CITAS (si se sabe, excl. autocitas): 2

OTROS INDICIOS (si se sabe): Article chosen by the Editors of Nucleic Acids Research to appear on their Featured Articles page (top 5%)




AUTORES Nogales-Cadenas R, Carmona‐Saez P, Vazquez M, Vicente C, Yang XY, Tirado F, Carazo JM, Pascual‐Montano A

Nº DE AUTORES 8

TÍTULO GeneCodis: interpreting gene lists through enrichment analysis and integration of diverse biological information

CLAVE (Artículo, Artículo de revisión, editor) Artículo

NOMBRE DE LA REVISTA Nucleic Acids Research

VOLUMEN 37

PÁGINAS DESDE W317

HASTA W322

EDITORIAL Oxford University Press

PAÍS DE PUBLICACIÓN Inglaterra

AÑO DE PUBLICACIÓN 2009

ISSN 0305-1048

INDICIOS DE CALIDAD AREA de JCR: BIOCHEMISTRY & MOLECULAR BIOLOGY

ÍNDICE DE IMPACTO: = 7.479

POSICIÓN QUE OCUPA LA REVISTA EN EL ÁREA: 27

Nº DE REVISTAS EN EL ÁREA: 283

Nº DE CITAS (si se sabe, excl. autocitas): 10

OTROS INDICIOS (si se sabe):




AUTORES Vialas V, Nogales-Cadenas R, Nombela C, Pascual-Montano A, Gil C

Nº DE AUTORES 5

TÍTULO Proteopathogen, a protein database for studying Candida albicans - host interaction

CLAVE (Artículo, Artículo de revisión, editor) Artículo

NOMBRE DE LA REVISTA Proteomics

VOLUMEN 9

PÁGINAS DESDE 4664

HASTA 4668

EDITORIAL Wiley-VCH

PAÍS DE PUBLICACIÓN Alemania

AÑO DE PUBLICACIÓN 2009

ISSN 1615-9853

INDICIOS DE CALIDAD AREA de JCR: BIOCHEMICAL RESEARCH METHODS

ÍNDICE DE IMPACTO: 4.426

POSICIÓN QUE OCUPA LA REVISTA EN EL ÁREA: 11

Nº DE REVISTAS EN EL ÁREA: 67

Nº DE CITAS (si se sabe, excl. autocitas):

OTROS INDICIOS (si se sabe):




AUTORES Vazquez M, Carmona-Saez P, Nogales-Cadenas R, Chagoyen M, Tirado F, Carazo JM, Pascual-Montano A

Nº DE AUTORES 7

TÍTULO SENT: semantic features in text

CLAVE (Artículo, Artículo de revisión, editor) Artículo

NOMBRE DE LA REVISTA Nucleic Acids Research

VOLUMEN 37

PÁGINAS DESDE W153

HASTA W159

EDITORIAL Oxford University Press

PAÍS DE PUBLICACIÓN Inglaterra

AÑO DE PUBLICACIÓN 2009

ISSN 0305-1048

INDICIOS DE CALIDAD AREA de JCR: BIOCHEMISTRY & MOLECULAR BIOLOGY

ÍNDICE DE IMPACTO: = 7.479

POSICIÓN QUE OCUPA LA REVISTA EN EL ÁREA: 27

Nº DE REVISTAS EN EL ÁREA: 283

Nº DE CITAS (si se sabe, excl. autocitas): 1

OTROS INDICIOS (si se sabe):




AUTORES Nogales-Cadenas R, Abascal F, Diez-Perez J, Carazo JM, Pascual-Montano A

Nº DE AUTORES 5

TÍTULO CentrosomeDB: A Human Centrosomal Proteins Database

CLAVE (Artículo, Artículo de revisión, editor) Artículo

NOMBRE DE LA REVISTA Nucleic Acids Research

VOLUMEN 37

PÁGINAS DESDE D175

HASTA D180

EDITORIAL Oxford University Press

PAÍS DE PUBLICACIÓN Inglaterra

AÑO DE PUBLICACIÓN 2009

ISSN 0305-1048

INDICIOS DE CALIDAD AREA de JCR: BIOCHEMISTRY & MOLECULAR BIOLOGY

ÍNDICE DE IMPACTO: = 7.479

POSICIÓN QUE OCUPA LA REVISTA EN EL ÁREA: 27

Nº DE REVISTAS EN EL ÁREA: 283

Nº DE CITAS (si se sabe, excl. autocitas): 6

OTROS INDICIOS (si se sabe):




AUTORES Mejia-Roa E, Carmona-Saez P, Nogales-Cadenas R, Vicente C, Vazquez M, Yang XY, Carazo JM, Pascual-Montano A

Nº DE AUTORES 8

TÍTULO bioNMF: A web-based tool for Non-negative Matrix Factorization in biology

CLAVE (Artículo, Artículo de revisión, editor) Artículo

NOMBRE DE LA REVISTA Nucleic Acids Research

VOLUMEN 36

PÁGINAS DESDE W523

HASTA W528

EDITORIAL Oxford University Press

PAÍS DE PUBLICACIÓN Inglaterra

AÑO DE PUBLICACIÓN 2008

ISSN 0305-1048

INDICIOS DE CALIDAD AREA de JCR: BIOCHEMISTRY & MOLECULAR BIOLOGY

ÍNDICE DE IMPACTO: = 7.479

POSICIÓN QUE OCUPA LA REVISTA EN EL ÁREA: 27

Nº DE REVISTAS EN EL ÁREA: 283

Nº DE CITAS (si se sabe, excl. autocitas): 2

OTROS INDICIOS (si se sabe):




b) Libros




AUTORES Vazquez M, Nogales-Cadenas R, Carmona-Saez P, Pascual-Montano A, Pavón J

Nº DE AUTORES 5

TÍTULO Rbbt: A framewrok for fast bioinformatics development with Ruby.

CLAVE (libro completo, capítulo de libro, editor, prólogo, otros) Capítulo de libro

VOLUMEN 74

COLECCIÓN Advances in Soft Computing

PÁGINAS DESDE 201

HASTA 208

EDITORIAL Springer Berlin / Heidelberg

PAÍS DE PUBLICACIÓN Alemania

AÑO DE PUBLICACIÓN 2010

ISBN 978-3-642-13213-1

INDICIOS DE CALIDAD Nº DE CITAS(si se sabe, excl. autocitas):

RESEÑAS EN REVISTAS CIENTÍFICAS:

TRADUCCIONES A OTRAS LENGUAS:

OTROS INDICIOS (si se sabe):




c) Ponencias




AUTORES L.N. Ciuffo, L. Alves, A.C Alves de Melo, G. Aparicio, P. Arce, I. Blanquer, D.A Burbano, A. Carrión, H. Castro, V. Hernández, J.M. Hurtado, R. Isea, J.I. Lagares, J. López-Fenner, R. Mayo, E. Merino, E. Montes, R. Nogales-Cadenas, I. Oliveira, A. Pascual-Montano, M.A. Pérez, R. Pezoa, J.C. Roa, F. Romero, J.A. Rubio-Montero, L. Salinas, F. Tirado, J. Verleyen, C. Vicente-Molina, M.E Walter

TÍTULO Biomedical applications in EELA-2 project

ENTIDAD ORGANIZADORA Universidad de Catania

CONGRESO: Ninth Annual Workshop Network Tools and Applications in Biology (NETTAB)

TIPO DE PARTICIPACIÓN (Ponencia (paper), ponencia invitada (inv spaker), poster, otro) Ponencia - Paper

ISSN/ISBN 9788873882428

VOLUMEN 1

PÁGINAS DESDE 35

HASTA 38

LUGAR DE CELEBRACIÓN Catania (Italia)

FECHA DE CELEBRACIÓN Jun-09

INDICIOS DE CALIDAD Nombre del ranking donde se incluye el congreso:

Categoría del congreso (si existe; p.ej. A, A+):

Posición del congreso en el ranking (si existe):

Nº de congresos en el ranking (si existe):

Nº DE CITAS (si se sabe, excl. autocitas):

OTROS INDICIOS (si se sabe):




AUTORES Nogales-Cadenas R, Mejía-Roa E, Vicente C, Montes E, Delgado A, Griffo PF, Tirado F, Pascual-Montano A

TÍTULO Genecodis-Grid: an online grid-based tool to predict functional information in gene lists

ENTIDAD ORGANIZADORA Universidad de Catania

CONGRESO: Third Conference of the EELA Project

TIPO DE PARTICIPACIÓN (Ponencia (paper), ponencia invitada (inv spaker), poster, otro) Ponencia - Paper

ISSN/ISBN 978-84-7834-565-6

VOLUMEN

PÁGINAS DESDE 167

HASTA 174

LUGAR DE CELEBRACIÓN Catania, Italia

FECHA DE CELEBRACIÓN Dec-07

INDICIOS DE CALIDAD Nombre del ranking donde se incluye el congreso:

Categoría del congreso (si existe; p.ej. A, A+):

Posición del congreso en el ranking (si existe):

Nº de congresos en el ranking (si existe):

Nº DE CITAS (si se sabe, excl. autocitas):

OTROS INDICIOS (si se sabe):




AUTORES Vazquez M, Nogales-Cadenas R, Carmona-Saez P, Pascual-Montano A, Pavón J

TÍTULO Rbbt: a framework for fast bioinformatics development with Ruby

ENTIDAD ORGANIZADORA Universidad de Minho

CONGRESO: International Workshop on Practical Applications of Computational Biology & Bioinformatics

TIPO DE PARTICIPACIÓN (Ponencia (paper), ponencia invitada (inv spaker), poster, otro) Ponencia

ISSN/ISBN

VOLUMEN

PÁGINAS



LUGAR DE CELEBRACIÓN Guimarães, Portugal

FECHA DE CELEBRACIÓN Jul-10

INDICIOS DE CALIDAD Nombre del ranking donde se incluye el congreso:

Categoría del congreso (si existe; p.ej. A, A+):

Posición del congreso en el ranking (si existe):

Nº de congresos en el ranking (si existe):

Nº DE CITAS (si se sabe, excl. autocitas):

OTROS INDICIOS (si se sabe):




AUTORES Carmona-Saez P, Nogales-Cadenas R, Vazquez M, Mejía-Roa E, Abascal F, Neves M, Tirado F, Pascual-Montano A

TÍTULO Data analysis tools at the UCM-CNB Bioinfo Unit

ENTIDAD ORGANIZADORA Universidad de Tsinghua

CONGRESO: Asia Pacific Bioinformatics Conference

TIPO DE PARTICIPACIÓN (Ponencia (paper), ponencia invitada (inv spaker), poster, otro) Poster

ISSN/ISBN

VOLUMEN

PÁGINAS



LUGAR DE CELEBRACIÓN Pekín, China

FECHA DE CELEBRACIÓN Jan-09

INDICIOS DE CALIDAD Nombre del ranking donde se incluye el congreso:

Categoría del congreso (si existe; p.ej. A, A+):

Posición del congreso en el ranking (si existe):

Nº de congresos en el ranking (si existe):

Nº DE CITAS (si se sabe, excl. autocitas):

OTROS INDICIOS (si se sabe):




AUTORES Pascual-Montano A, Nogales-Cadenas R, Carmona-Saez P, Carazo JM

TÍTULO Using the Non-negative matrix factorization model in Bioinformatics

ENTIDAD ORGANIZADORA Universidad de Tsinghua

CONGRESO: Asia Pacific Bioinformatics Conference

TIPO DE PARTICIPACIÓN (Ponencia (paper), ponencia invitada (inv spaker), poster, otro) Poster

ISSN/ISBN

VOLUMEN

PÁGINAS



LUGAR DE CELEBRACIÓN Pekín, China

FECHA DE CELEBRACIÓN Jan-09

INDICIOS DE CALIDAD Nombre del ranking donde se incluye el congreso:

Categoría del congreso (si existe; p.ej. A, A+):

Posición del congreso en el ranking (si existe):

Nº de congresos en el ranking (si existe):

Nº DE CITAS (si se sabe, excl. autocitas):

OTROS INDICIOS (si se sabe):




AUTORES Nogales-Cadenas R, Mejia-Roa E, Vicente C, Tirado F, Pascual-Montano A

TÍTULO GENECODIS-2: an online grid-based tool to predict functional information in gene lists

ENTIDAD ORGANIZADORA Centro de Investigaciones Príncipe Felipe

CONGRESO: VIII Jornadas de Bioinformática

TIPO DE PARTICIPACIÓN (Ponencia (paper), ponencia invitada (inv spaker), poster, otro) Póster

ISSN/ISBN

VOLUMEN

PÁGINAS



LUGAR DE CELEBRACIÓN Valencia

FECHA DE CELEBRACIÓN Feb-08

INDICIOS DE CALIDAD Nombre del ranking donde se incluye el congreso:

Categoría del congreso (si existe; p.ej. A, A+):

Posición del congreso en el ranking (si existe):

Nº de congresos en el ranking (si existe):

Nº DE CITAS (si se sabe, excl. autocitas):

OTROS INDICIOS (si se sabe):